Η ΕΓΝΑΤΙΑ ΤΡΑΠΕΖΑ, στα πλαίσια της καλύτερης εξυπηρέτησης των πελατών-συνεργατών της συμμετέχει με βάση σχετική Υπουργική Απόφαση, στο σύστημα επιστροφής φόρου εισοδήματος μέσω Τραπεζών. Συμπληρώνοντας το έντυπο Δήλωσης Φορολογίας Οικονομικού έτους 2003 (έντυπο Ε1), οι φορολογούμενοι μπορούν να αναγράφουν στο πεδίο ‘'Τράπεζα'' την επωνυμία ΕΓΝΑΤΙΑ ΤΡΑΠΕΖΑ με κωδικό Τράπεζας 28, ώστε αν προκύψει επιστροφή φόρου εισοδήματος να μπορούν να εισπράττουν την επιστροφή από οποιοδήποτε Κατάστημα της Τράπεζας, επιδεικνύοντας το εκκαθαριστικό τους σημείωμα. Για ακόμα μεγαλύτερη ευκολία, οι πελάτες που τηρούν λογαριασμό στην ΕΓΝΑΤΙΑ Τράπεζα, μπορούν να αναγράψουν στο αντίστοιχο πεδίο της φορολογικής τους δήλωσης τον αριθμό του λογαριασμού τους, ώστε το επιστρεφόμενο ποσό να κατατεθεί αυτόματα στον λογαριασμό τους .