Οι συναλλαγές στην ΕΝ.Α συνάπτονται όπως και αυτές των οργανωμένων αγορών. Χρησιμοποιείται το σύστημα διαπραγμάτευσης του ΧΑ και το σύστημα εκκαθάρισης, διακανονισμού και καταχώρησης της ΕΧΑΕ.

Η μέθοδος διαπραγμάτευσης των μετοχών είναι συνεχής και γίνεται από τις 11:00 έως τις 17:200, με όρια διακύμανσης τιμών +/- 10%, +/- 20%. Η τιμή κλεισίματος υπολογίζεται με τη μέθοδο του σταθμισμένου μέσου όρου του 30% των τελευταίων πράξεων.

Για την κατάταξη σε κλάδο των εταιριών εφαρμόζεται το υφιστάμενο μοντέλο ICB των FTSE/Dow Jones. Δεν επιτρέπεται οι μετοχές της Αγοράς να αποτελούν αντικείμενο δανεισμού τίτλων και ανοικτών πωλήσεων.

Η ύπαρξη Ειδικού Διαπραγματευτή δεν είναι υποχρεωτική. Σε περίπτωση ύπαρξης, εφαρμόζεται το υφιστάμενο μοντέλο αξιολόγησης Ειδικών Διαπραγματευτών της Αγοράς Αξιών του ΧΑ.